Net als zijn voorgangers is de huidige Moslim Omroep het strijdtoneel van bestuurlijk geruzie en rechtszaken. De voorzitter is opgestapt wegens een hoog opgelopen conflict.

De vrees van sceptici dat de verschillende stromingen in en rondom de Moslim Omroep opnieuw met elkaar overhoop zouden komen te liggen, ook nu de publieke omroep NTR toezicht houdt, lijkt bewaarheid te worden.